A történet úgy kezdõdik hogy a kilencfarkú rókadémon megtámadja a Konohát, és a Hokage is csak úgy tudja legyõzni hogy bezárja egy kisgyerek testébe, de ez a Hokage életébe kerül. Nos ez a gyerek Uzumaki Naruto. Árvaként egyedül él, az õ legnagyobb álma hogy Hokage lehessen. Reményteli kezdésként a genin vizsgán elbukik, de mikor megmenti oktatója( Iruka-sensei) életét átengedik a vizsgán. Ezután csapatokba osztják õket. Naruto a 7-es csapatba kerül, Sakurával, és Sasuke-val. A csapat jounin vezetõje Hatake Kakashi. Ennyit a történetrõl az alaptörténetrõl. A késõbbi részekben Sasuke elhagya a falut, és elmegy orochimaru-hoz, hogy erõsebb legyen, és megtudja ölni a bátyát, mivel az megölte az egész klánját. Ekkor Naruto egy életen át tartó fogadalmat tett arra, hogy visszahozza Sasuke-t.